幾乎所有的原水都含有微生物，但零星的微生物未形成菌落，并不構成微生物污染的威脅。引起反滲透膜的生物污染的因素不是孤立的，涉及因素很多，如水源、溫度、季節、處理方式、運行條件、膜的化學成分、膜的表面狀態以及隔網尺寸、形狀、預處理、管路設備連接結構等。以地下水為水源的反滲透系統在膜表面產生微生物是近來出現的一個新問題。通常認為，就反滲透給水處理而言，只對地表水才需采取生物殺菌處理。但近來頻頻發現來自地下的原水對膜的污染，甚至在含有游離氯的條件下還存在生物膜，即使增大余氯量，也對之無影響。預處理系統被污染后往往成為反滲透膜生物污染源之一。預處理系統被微生物污染后，不易得到徹底、有效的清洗，即使反滲透膜經清洗后，又會被來自預處理的污染物所污染，甚至 2-3 天就要清洗一次。 

       反滲透膜表面和給水流通隔網上的污染相互影響。當膜的水通量不是很高，給水流速較低時，細菌群落棲息于隔網上而形成粘泥，隔網阻力便會增大，使細菌進一步在膜表面發展。當膜的水通量過高時，細菌群落便會沉落于膜上，菌落也會逐漸沉積于隔網上。兩種情況均會使給水通路減小，壓降升高，產水量下降。